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南方科技大学生物系-翟继先课题组在《PNAS》发表论文阐述大数据挖掘在植物表观遗传组学中的应用
发布时间:2018-01-24

      2018年1月17日,我校生物系副教授翟继先课题组与美国加州大学Steven Jacobsen教授课题组合作在国际著名权威杂志《Proceedings of the National Academy of Sciences》(《PNAS》)在线发表了题为 “Large-scale comparative epigenomics reveals hierarchical regulation of non-CG methylation in Arabidopsis” 的研究论文。南方科技大学植物食品所和生物系为本项研究工作第一单位,校长卓越博士后基金资助者张雨为本文共同第一作者,翟继先为论文通讯作者。

  近年随着测序技术的不断完善,生物领域积累了大量基因组、转录组、表观组学数据。怎样有效利用这些数据挖掘生物学新知识,是研究工作者在大数据时代面临的挑战。该研究以DNA甲基化测序数据入手,探索了大数据挖掘揭示生物学新知识的研究之路。翟继先课题组重新分析了公共数据库中来自不同实验室的约500余组Col-0型拟南芥DNA甲基化数据:通过比较单个突变体和多个野生型,鉴定了每个突变体中高置信度的DNA甲基化差异区域,进而分析了不同突变体间DNA甲基化差异区域的重合度,揭示控制DNA甲基化相关基因之间的联系。


不同突变体DNA甲基化差异区域重合度的聚类分析

   我校博士后龙艳萍、博士后肖丽丹、博士生冯丽以及实验助理陈旭参与了该研究的部分工作。

  本项目得到了国家自然科学基金、中组部青年千人计划、广东省”珠江人才计划”创新创业团队、南方科技大学校长卓越博士后等基金的资助。

文章链接:http://www.pnas.org/content/early/2018/01/10/1716300115.full

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